Le prime testimonianze di fede cristiana nel territorio di Sepino sono documentate dalla presenza, nel V secolo, di una sede vescovile a Saepinum, l’antica Sepino romana in località Altilia. E’ documentato, infatti, l’insediamento nell’anno 454 del vescovo Palladio e nel 501 di Proculeiano, il quale partecipò al sinodo celebrato a Roma da Papa Simmaco. A seguito della dominazione Longobarda, presente in questa zona già nel VI secolo, verosimilmente la diocesi venne a cadere.
La città di Saepinum, che intanto aveva preso il nome di Altilia e annessa al Castaldato di Boiano, si spopolò progressivamente a seguito anche di calamità naturali, come terremoti e alluvioni. La città ritornò a nuova vita per merito del processo di recupero dell’agricoltura ad opera del monastero benedettino di S. Sofia di Benevento, che ha avuto una sede ad Altilia fino al 1119.
Le mutate condizioni politiche e la posizione in pianura, difficilmente difendibile, esposero però la città ai continui saccheggi dei Saraceni e ne decretarono, nell’ 882, il definitivo abbandono a favore di una posizione più a monte dove nacque il “Castellum Saepini”, l’attuale Sepino.
Nel XI secolo queste terre appartenevano alla Contea di Boiano; nel 1024 Rodolfo, a capo di un esercito normanno, occupò la Contea e Sepino divenne una Baronia del ramo cadetto della famiglia De Molisio. Nel 1114 troviamo Ugone I Signore di Sepino. Scipione Carafa nel 1566 comprò per 50.000 ducati, da Giovanni Conte di Altavilla, l’intera Baronia di Sepino, che comprendeva anche San Giuliano, Cercepiccola e Sassinoro. Durante il dominio dei Carafa la Baronia si ridusse progressivamente ai soli territori di Sepino e Sassinoro. Successivamente, intorno al 1740, una nipote di Francesco Carafa portò la Baronia in dote alla famiglia della Leonessa.
Le origini della Chiesa di S. Cristina si perdono nella notte dei tempi, mancano infatti documenti certi, ma numerosi studiosi sono d’accordo nell’ipotizzare l’origine dell’edificio di culto contemporanea a quella del Castello. Probabilmente all’inizio era una cappella gentilizia ad uso privato, annessa al Castello della città. Anticamente la chiesa era intestata a S. Salvatore e questo titolo durò fino al 1098.
Alla fine di quell’anno, secondo la tradizione popolare, un avvenimento eccezionale sconvolse la città di Sepino. Due pellegrini, diretti in Terra Santa provenienti da Montpelier e transitati da Bolsena, portarono a Sepino le reliquie di S. Cristina. La popolazione, venutane a conoscenza, fece voto di fede ed elesse S. Cristina a protettrice.
Era il 10 gennaio 1099; da quel momento la Chiesa trasformò il titolo in S. Cristina. Anche se, a tal proposito, non esistono prove certe a conforto di tale avvenimento, le tradizioni letterarie, riferite a varie località italiane e straniere, ne pongono la datazione tra la fine del XI e l’inizio del XII secolo. Datazione che è confermata dal riferimento storico a Ugone Conte di Sepino, che donò parte delle reliquie alla chiesa di Palermo, e ad altri personaggi realmente vissuti. Come riferisce l’ arciprete Valentino Vignone, il terremoto del 1456 segnò la fine dell’indipendenza della cattedra vescovile di Sepino, probabilmente a causa del calo demografico successivo alla catastrofe naturale che distrusse la città.
Da questo momento si parla del vescovado di Boiano-Sepino. La cattedra vescovile di Sepino sarebbe stata affidata così ad interim al vescovo di Boiano, in attesa della restaurazione della città. L’accorpamelo della diocesi durò invece a lungo, almeno fino al 1739, come attesta una iscrizione all’ingresso della cripta. Mancano precisi documenti a riguardo, ma sembrerebbe che successivamente vi siano stati vescovi locali con sede a Sepino nella Chiesa di S. Cristina, solo saltuariamente e non in successione cronologica. Già prima del 1630 la Chiesa di S. Cristina aveva il titolo di Cattedrale; titolo che durò fino al 1739 quando, Papa Clemente XII, lo sostituì con quello di Insigne Collegiata.
Grazie alla munificenza dei vari signori di Sepino e di famiglie benestanti, la Chiesa venne impreziosita da varie opere. Nel 1609 il Principe Francesco Carafa fece costruire il Tesoro; mentre nel 1630 la principessa Lucrezia Caracciolo, sua moglie, fece realizzare l’altare dedicato a S. Antonio di Padova. Nel 1740, Carlo e Tommaso Maglieri donarono l’altare di S. Carlo Borromeo e il Reliquiario. Il principe Giuseppe della Leonessa, nel 1742, intervenne con notevoli mezzi finanziari, realizzando pregevoli opere, gran parte delle quali sono giunte fino a noi. Nel 1747 è documentata la esistenza della Sede Vescovile di Sepino (unita a quella di Boiano) e la presa di possesso della Cattedra da parte di D. Bernardo Cangiani.
Ancora ai primi del XIX secolo nella Chiesa esisteva l’antichissimo trono vescovile rivestito di lana e oro, che andò distrutto nel terremoto del 1805. Nel 1843 il Capitolo della Chiesa Insigne Collegiata di S. Cristina era ancora formato da undici Canonici, così come stabilito dalla Bolla di Papa Clemente XII del 1739. Con la stessa Bolla veniva concesso ai canonici l’uso della Cappamagna, con cauda e rocchetto.
